Υπάρχουν τρεις μέθοδοι προγραμματισμού εργαλειομηχανών CNC: χειροκίνητος προγραμματισμός, αυτόματος προγραμματισμός και κέντρο κατεργασίας CAD/CAM.
Προγραμματισμός με το χέρι
Η χειροκίνητη ανάλυση σχεδίασης εξαρτημάτων, η επεξεργασία της διαδικασίας, ο αριθμητικός υπολογισμός, η εγγραφή λίστας προγραμμάτων και η εισαγωγή και η επιθεώρηση προγράμματος ολοκληρώνονται χειροκίνητα. Είναι κατάλληλο για σημειακή κατεργασία ή εξαρτήματα με λιγότερο σύνθετες γεωμετρίες, αλλά είναι πολύ χρονοβόρο και επιρρεπές σε σφάλματα κατά τη σύνταξη σύνθετων εξαρτημάτων.
Αυτόματος προγραμματισμός
Η διαδικασία χρήσης υπολογιστή ή προγραμματιστικής μηχανής για την ολοκλήρωση της προετοιμασίας των προγραμμάτων ανταλλακτικών είναι πολύ βολική για πολύπλοκα εξαρτήματα.
CAD/CAM
Το λογισμικό CAD/CAM χρησιμοποιείται για την υλοποίηση αυτόματου προγραμματισμού μοντελοποίησης και εικόνων. Το πιο τυπικό λογισμικό είναι το Master CAM, το οποίο μπορεί να ολοκληρώσει τον προγραμματισμό φρεζαρίσματος 2, 3, 4 και 5, τόρνευσης, σύρματος EDM, αν και αυτού του είδους το λογισμικό έχει μία μόνο λειτουργία, είναι εύκολο στην εκμάθηση και φθηνό.